Οι Κοινοτικές Πρωτοβουλίες ήταν μορφές παρέμβασης που πρότεινε η Επιτροπή προς τα Κράτη-Μέλη, με στόχο την επίλυση συγκεκριμένων προβλημάτων σε όλη την Ευρωπαϊκή Ένωση. Για την περίοδο 2000-2006, υπήρχαν 4 κοινοτικές πρωτοβουλίες, οι οποίες χρηματοδοτούνταν από τα διαρθρωτικά ταμεία:

• INTERREG III: διασυνοριακή, διακρατική και διαπεριφερειακή συνεργασία (ΕΤΠΑ)

• URBAN II: αναζωογόνηση των αστικών περιοχών σε κρίση (ΕΤΠΑ)

• LEADER+: αγροτική ανάπτυξη (ΕΓΤΠΕ-Προσανατολισμός)

• EQUAL: καταπολέμηση των διακρίσεων και των ανισοτήτων στην πρόσβαση στην εργασία (ΕΚΤ)

Για την περίοδο 2007-2013 οι κοινοτικές πρωτοβουλίες έχουν ενσωματωθεί στο στόχο Ευρωπαϊκή Χωρική Συνεργασία.