Η δομή και οι αρμοδιότητες της Ειδικής Υπηρεσίας Στρατηγικού Σχεδιασμού, Συντονισμού και Εφαρμογής Προγραμμάτων του Υπουργείου Εσωτερικών προσδιορίζονται σε σχετική ΚΥΑ.

Η Ειδική Υπηρεσία έχει οριστεί ως Ενδιάμεσος Φορέας στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα "Ανάπτυξη Ανθρώπινου Δυναμικού" για τη διαχείριση δράσεων αρμοδιότητάς της με σχετική απόφαση.