Η δομή και οι αρμοδιότητες της ΜΟΔ Α.Ε. προσδιορίζονται στο άρθρο 33 του Ν.3614/2007. Η ΜΟΔ Α.Ε. έχει οριστεί ως Ενδιάμεσος Φορέας στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα "Τεχνική Υποστήριξη της Εφαρμογής" για τη διαχείριση δράσεων αρμοδιότητάς της με την Υπουργική Απόφαση που έχει εκδοθεί σύμφωνα με το άρθρο 4 του Ν. 3614/07.

Η ΜΟΔ Α.Ε. λειτουργεί χάριν του δημοσίου συμφέροντος κατά τους κανόνες της ιδιωτικής οικονομίας και εποπτεύεται από τον Υπουργό Οικονομίας και Οικονομικών. Σκοπός της ΜΟΔ Α.Ε. είναι η επιστημονική και τεχνική υποστήριξη της διαχείρισης και εφαρμογής προγραμμάτων που συγχρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση, από τον Ευρωπαϊκό Οικονομικό Χώρο (ΕΟΧ) ή/και από εθνικούς πόρους, η οργάνωση και η κάλυψη των αναγκών σε εξειδικευμένο ανθρώπινο δυναμικό και σε μεταφορά τεχνογνωσίας για τη βελτίωση της διοικητικής δομής.